xxxxthumb|left|ARA San Juan tại xưởng đóng tàu Tandanor.]]Chiếc tàu ngầm này bắt đầu đưa vào biên chế vào ngày 18 tháng 11 năm 1985.[5]

Năm 1994, trong cuộc tập trận FleetEx 2/94 "George Washington" với Hải quân Hoa Kỳ, San Juan đã tránh được việc phát hiện bởi các lực lượng chống lật đổ của Mỹ trong suốt thời gian diễn ra chiến tranh; thâm nhập vào việc bảo vệ tàu khu trục và "chìm" tàu USS Mount Whitney.[6][7] Chiếc tàu ngầm này tham gia một số cuộc tập trận khác bao gồm Gringo-Gaucho và UNITAS.[5]

Đợt cập nhật giữa đời đã được thực hiện ở Argentina từ năm 2008 đến năm 2013, mất nhiều thời gian hơn dự kiến ​​do những hạn chế về ngân sách.[8][9] Chi phí nâng cấp khoảng 100 triệu peso (12,4 triệu đô la) và bao gồm hơn 500.000 giờ làm việc, trong đó tàu ngầm bị cắt đôi và bốn động cơ và pin MTU được thay thế.[10] Đợt cập nhật được thực hiện tại xưởng đóng tàu Tandanor và Storni thuộc Tổ hợp công nghiệp Argentina (CINAR) [3] Sau đó, San Juan được giao nhiệm vụ thực hiện công tác giám sát tại khu kinh tế quanh Puerto Madryn, đặc biệt trong vai trò chống lại đánh bắt cá bất hợp pháp.[11][12]